メリット

1. 信用力…登記により組織がはっきりするので対外信用が高まる
2. 儲けと医業経営の分離…理事長（院長）報酬により支出される自家消費分と病院経営のための事業資金の混同が防止される。
3. 医業の継続性…組織として維持される。
4. 老人保健施設の開設…個人病医院ではできない。
   計画がある場合は法人化する必要がある。

デメリット

1. 医療法による制約
   1. 配当禁止…出資者に対する還元が出来ないので従業員持株制度の導入による増資困難。
   2. 付帯業務の制限…下記業務以外は認められない。
      1. 医療関係者の養成・再教育
      2. 研究所の設置
      3. 分院の設置
      注）第２次医療法で若干の業務の拡大が検討されている。
   3. 後継者のいない場合の事業の継続…理事長は医師でなければならないので、身内に後継者がいないと他から理事長を求められなければならず、経営が一人歩きする懸念がある（理事長の考えどおり運営されない）。
   4. 知事による指導監督の強化…立入検査、人事権の発動もあり得る。
   5. 決算の届出、書類の整備閲覧…社会性を要求され、負担は増える。
2. 事務コスト、経費の増大…個人時代より帳票類もふえ、整理し、対税務当局、対出資者、対債権者に対する説明が出来なければならない。

メリット

1. 税率…所得税、個人住民税の超過累進課税率から法人の比例税率へ移行できるので、所得税が高いほど節税となる。
2. 身内の人の給料…個人経営では就業実態により専従者給与が認められていたが、理事者（役員）となった場合は理事責任の対価として報酬額がきめられる。但し就業の実態による。
3. 経費面…個人経営では認められない経費の損金計上が可能となる。
   1. 生命保険の損金計上…会社受け取りの掛捨て保険料は認められる。
      
      注）個人経営の場合、支出した生命保険料は１０万円まで生命保険料控除が認められているだけであるが、医療法人が契約者で、かつ一定の条件にあてはまるものについては、保険料の全額が損金に算入される。
      
      
   2. 理事等の退職金（生存・死亡）の損金計上…適正額のものについては認められる。内規を定めておくとよい。
   3. 弔慰金の損金計上…おおむね下記の範囲は認められる。
   4. 病院葬の損金計上
   5. 旅費・交通費の支出：個人経営はあくまでも実額計算で立証する書類の添付保存が必要であるが、法人では旅費規程による処理が可能で、事務簡素化に役立つ。

デメリット

1. 交際費の損金参入限度
   個人経営では必要な交際費は全額損金算入できたが、医療法人の場合は一定の計算基準により損金計上できない部分がでる。
2. 貸倒引当金の繰入限度の減少
   　　期末貸金×6/1000＝繰入限度額
   　　個人の場合 55/1000

デメリット

• 院長の所有する土地・建物を現物出資等により法人に帰属させると、売買価格（時価による）と取得価格との差益が譲渡所得として課税の対象となる。
  ただし、土地建物等については一定の条件の元に賃貸契約を院長と法人の間で締結することができるため、このデメリットは避けられる。

メリット

• 社会保険診療報酬にかかる源泉徴収が０円で、資金面で有利である。
  個人の場合は（月決定額−２０万円）×１０％の源泉となる。

デメリット

• 一旦法人化したら簡単にやめる事は難しい（対外信用上）